Yücelciler, gazeteleri ellerinden alındıktan sonra çalışmalarına devam ettiler. Üsküp radyosundan ilk Türkçe yayın, ilk Türk öğretmen kurslarının organize edilmesi ve öğretmen yetiştirilmesi, alfabe ve ilk okuma kitaplarının hazırlanması gibi çalışmalar, Yücel teşkilatının faaliyetleri arasındaydı.
Yücel Teşkilatı’nın bir diğer önemli faaliyeti bugün de faal olan Tefeyyüz adlı okulu açılmasıdır. Türk milliyetçisi olan bu teşkilat, milli şuurun oluşması için Türkiye’den Yugoslavya topraklarına bazı eserleri getirtmiştir. Atatürk’ün Nutuk eseri başta olmak üzere, Mehmet Akif Ersoy’un Safahat, Ziya Gökalp, Mehmet Emin Yurdakul, Namık Kemal’in eserleri ve Yahya Kemal Beyatlı’nın eserleri en çok okutulan kitaplar arasındaydı.
Yücelcilerin faaliyetlerinden rahatsız olan rejim teşkilatın dağıtılması için her türlü oyuna başlamıştı. Bunun ardından da tutuklamalar başladı. Yücelciler sadece Üsküp’te değil Köprülü (Veles) kasabasında da güçlü bir şekilde örgütlenmişlerdi. Gizliliğe de büyük önem veren teşkilatın açığa çıkmasında, teşkilat içine sızan hainlerin büyük payı vardı. Komünist rejim, teşkilat mensupları hakkında üç grup tutuklama, soruşturma ve infaz uyguladı. Birinci grup tutuklama 19 Eylül 1947 tarihinde olmuş ve birçok Müslüman aydın tutuklandı.
Yücel Teşkilatı’ndan ilk olarak 17 kişi tutuklandı. İlk duruşma tarihleri 19 Ocak 1948 tarihiydi. “Terörist- Casus teşkilat kurarak Makedonya’daki Türkleri, Makedonya Halk Devleti’ne karşı organize ederek devlet düzenine değiştirmeye ve yıkmaya çalışmak” suçundan hüküm giydiler. Rejim öyle bir oyun etmişti ki, teşkilat mensuplarının avukat tutmalarına bile izin vermemişlerdi. Tutulan avukatlar da rejimin adamıydı. 25 Ocak 1948 tarihinde açıklanan kararda Şuayb Aziz İshak, Ali Abdurrahman Ali, Nazmi Ömer Yakup ve Adem Ali Adem kurşuna dizilmek suretiyle idama mahkum oldular. Kalanları ise yüzlerce yıl hapis cezasına çarptırıldı.
Şerafettin Ferit Süleyman, Refik Şerif Mehmet, Kemal Rasim İlyas, Abdülkerim Ethem İbrahim ve Şefik Ruşit Elmas 20 yıl, Fettah Salih Süleymanpasiç, Muzaffer Ahmet Süleyman 15 yıl, Fazlı Vehbi Şükrü, Mehmet Şerif Dalip ve Kemal Rıfat Ferhat 12 yıl hapis cezasına mahkum edildiler.
Kararlar açıklandıktan bir ay sonra idam kararları uygulandı. Diğer tutuklular ise ülke içinde değişik cezaevlerine gönderildi.
Teşkilat verilen idam ve hapis cezalarının ardından büyük ölçüde sarsıntıya uğradı. Yine de faaliyetlerine devam eden teşkilat, 1948 Mayıs’ında yeni bir operasyon dalgasına maruz kaldı. Bu tutuklama furyasında 29 kişi hüküm giydi. Bu 29 kişinin hepsi en az 9 en az 1 yıl hapis cezası aldı.
Tüm bu yapılanlara rağmen rejim, teşkilatı sıkıştırmaya devam ediyordu. Bu baskıların neticesinde üçüncü bir tutuklama dalgası gerçekleşti. Bu sefer ‘insafa gelen’ rejim hapis cezası vermedi. 18 kişiyi daha tutuklayıp Kurşun Madeninde çalıştırılmak suretiyle sürgün cezası uyguladı. Rejim Müslüman Türklere bu baskıyı uygularken Türkiye’den hiç ses çıkmadı.
1937 yılında temelleri atılan ve 1948 yılında üç dalga tutuklamayla sonu getirilen Yücel Teşkilatı, belki de Balkanlarda Müslüman Türklerin var olmasında en büyük rolü oynayan teşkilat olmuştur.
