Şamahı’da Pir Ömer tarafından kurulan Halvetilik sufi mektebinin Azerbaycan’da zirveye yetişdiği makam şübhesiz ki, Seyid Yahya Bakuvi Şirvani ile olmuştur. Onun Bakıda başlatdığı irfan derslerinin şöhreti kısa zamanda Azerbayca’nın hüdutlarını aşarak dünyanın en uzak noktalarına kadar yetişmiş, binlerle hakikat aşikinin pervaneler gibi Bakıya gelmesine şerait yaratmıştır. Seyid Yahya’nın etrafında toplanmış sufilerin iyirmi bine ulaştığı, onlardan üç yüz altmışına hilafet verdiği kaynaklarda verilmiştir.
Seyid Yahya’nın halifelerinden Dede Ömer Tebriz’de, Muhammed Behaaddin Erzincan’da, Habib Karamani Konya’da, Alaaddin Edirne ve Bursa’da, Ahmet Sünneti Kastamonu’da, kendi oğlu Nasrullah Krım’da, Yusuf Ziyaeddin Şamahı’da, Şükrüllah Bakı’da Halvetiyye tarikatını tebliğ etmiştir. Vefatından elli yıl sonra Afrika, Anadolu, Balkanlar ve bütün Kafkaslarda Halvetilik sufi mektebi geniş yayılmıştır.
Seyid Yahya 1464 yılında Bakı’da vefat etmiş ve orada defn olunmuştur. Seyidin mezarının Bakı’da, hasar içinde olduğu bütün kaynaklarda keçmektedir. Bu mekan, Bakı’da bu gün “İçerişehir” adlandırılan yerdir. Azerbaycan kaynaklarına göre bu mezar Şirvanşahlar sarayı olarak bilinen külliyyenin içinde yer almaktadır. Keykubat mescidinin kıble divarına birleşik olan mezarı üzerinde sekkizguşeli klassik selçuklu mimarlığı tarzında sade bir günbez inşa edilmiştir.
Seyid Yahyanın Bakı’da yaşadığı meselesinde bütün kaynaklar müttefiktir. Bakı’da hasar içinde hanegahı, mezarı olduğu ve bu hanegahın küçük bir tekke değil, büyük bir külliyye olduğu da yazılır. 19. yüzyılın birinci yarısında yaşamış Azerbaycan tarihçisi Abbaskulu ağa Bakıhanov “İrem Gülüstanı” eserinde Bakı şehrinde Seyid Yahyaya mensub olan mescidin yanında tekkesi, medresesi ve mezarının olduğunu yazır. 20. yüzyılın birinci yarısında yaşamış Azerbaycan edebiyat tarihçisi Muhammed Ali Terbiyete göre, Seyid Yahya Bakı’da mescid, medrese ve hanegah sahibi olmuştur. Mezarı da oradadır. Bütün kaynaklarda yazıldığı gibi, Seyidin Anadolu’dan gelen müritleri Bakı’da yetişmişdiler. Azerbaycan tarihçisi Sara Aşurbeyli “Şirvanşahlar Devleti” ve “Bakı Şehrinin Tarihi” eserlerinde Seyid Yahya Şirvaninin türbesinin Bakıda Şirvanşahlar saray külliyesinde olduğunu bildirir. Tarihçiye göre, uslup özellikleri ve inşaat tekniği bu tarihi tasdik edir. Türbe Keykubat mescidi ismi ile tanınan 1918 yılında ermeniler tarafından yandırılmış eski mescide birleşik inşa olunmuştur.
Rus mimar Andrey Pavlinov 1888 yılında Bakıda olarken Keykubat mescidini görmüş ve onun tasvirini vermiştir. Mescid genişdir, onun günbezi planda olduğu gibi, 4 sütun üzerindedir, günbezin çatmaşekilli esas tağlar ve ya tağtavanları vardır. Günbezin gövdesinde Şah mescidinde olduğu gibi, bir kaç nakış var ve o dörd pencereden ışık alır. Mescidde kitabe yoktur, onun cephesi hamar olup, yontulmuş taşla üzlenmiştir.
1945 yılında Azerbaycanın rus esilli arkeologu Vadim Leviatov Seyid Yahya türbesinin etrafında arkeolojik kazılar yaparken Andrey Pavlinovun tasvir etdiği mescidin altından daha önceki devirlere ait eski binanın kalıntılarını üze çıkarmıştır. Vadim Leviatov bu binanı Seyid Yahya Bakuvinin ibadet etdiği ve ders verdiği eski mescid hesap etmiş, onun uçmasını 14. yüzyılın sonlarına ait etmişdir. Sara Aşurbeyli Vadim Leviatovun yanlış düşündüğünü söylemiş, Seyid Yahyanın XV. yüzyılın birinci yarısında eski değil, yeni mescidde faaliyyet gösterdiğini bildirmiştir.
Anlaşıldığı gibi, Seyid Yahyanın Bakıda hakiketen büyük bir hanegahı olmuştur. Bu mekanın en azından türbenin yerleşdiği hissesinin hanegah olduğunu gösteren yapılar burada yer almıştır. Evvela, Seyid Yahyanın mezarı buradadır. Tasavvuf geleneğine göre, ölen şeyhin mezarı tekkenin ve ya hanegah külliyesinin içerisinde yer alır. Bu Azerbaycan, Orta Asya, İran, Anadolu ve İstanbuldakı bir çok halveti ve diger tarikat tekke ve hanegahlarında karşılaşılan özellikdir. 19. yüzyılın sonlarında yaşamış Azerbaycan sanat tarihçisi Mahmut Bey Mahmutbeyov yazır ki, Seyid Yahyanın mezarının mescid (Keykubat mescidi) yanında olması buranın mescid olmakla yanaşı hanegahın zikr edilen hissesi – zikirhane olduğunu gösterir.
Şirvanşahlar sarayı külliyesinin doğu girişinde olan monumental taç kapı, 16. yüzyıl tikilisi olub, Osmanlı sultanı 3. Murat (1574-1595) devrinde Ulu Recep Baba Bakuvi deye bir zat tarafından inşa etdirilmiştir. Bu zatın ismi bir sufi olduğu kanaatı vermektedir. Ulu ve Baba ifadeleri sufi şeyhleri hakkında istifade olunan ünvanlardandır. Recep Babanın o devirdeki hanegahda vazifeli şeyh olması da mümkündür. Kitabeni Azerbaycanın epiğraf tarihçisi Ejder Aleskerzade böyle okumuştur: “Bu necib imareti inşa etmeği en adil ve müezzim sultan Sultan Murat Hanın zamanında Ulu Recep Baba Bakuyi hicri 994 (1585/86) yılında emr etmiştir”. Sultan 3. Muratın halveti sufi mektebi ile geniş bağı vardı. Onun devrinde sünbüli sufi mektebinin şeyhi olan Yusuf Sinaneddin, içinde Yahya Şirvani ile birlikte dört halveti şeyhinin menkibesinin verildiği eserini sultana takdim etmişti. Sultan 3. Murat zamanında Bakı Osmanlıların hakimiyyəti altına keçince, Seyid Yahya hakkında melumatı olan padşah, bu büyük halveti şeyhinin hanegahının ve mezarının girişine bele muhteşem bir kapı bina etdirmiştir. Bu iddianın doğruluğu kapının saraya değil, mezarın olduğu mekana açılması ile aydın olur. Kapıdan girende ilk karşılaşılan mekan mescid ve bura birleşik türbelerdir. Sarayın derhal girişinde bir türbenin ve etrafında bir çok mezarın olması da saray mimarisinde görülen ünsürlerden değil. Kaynaklar Seyid Yahyanın mezarı etrafında, oğlu Fethullah ve Şeyh Şükrullahın da mezarının olduğu hakkında malumat verir. Vefat eden şeyhler ve hetta dövlet büyüklerinin mezarlarının pirin mezarı etrafında kazılması geleneği geniş yayılmıştı. Bu mekanda, 1915 yılında 15 kadar mezarın olduğu, 1920 yıllarında yapılan berpa ve kazı işlerinde Seyid Yahyanın türbesi etrafında bir çok mezar taşları bulunmuş, türbenin serdabesinden de 18 insan skeleti çıkarılmıştır. 20. yüzyılın evvellerinde buradakı mezarların sökülerek sümüklerinin türbeye doldurulduğu araştırmaçılar ve İçerişehir sakinleri tarafından bildirilmiştir.
Şirvanşahlar saray külliyesine ait olan Şah mescidinin köşelerinde yerleşen ikikatlı halvethaneler, külliyede bağımsız olarak yerleşen Şah mescidi, Şirvanşah ailesi türbesi Seyid Yahyanın hanegahı fikirini destekleyen özellikteki binalardır. Mescidin mimarisinde esas özelliklerden biri her köşede yerleşen küçük hücrelerin yegane doğru izahı halvethana olmasıdır. Böyle küçük bir mescidde yeddi hücrenin varlığı bunu düşünmeye esas verir. Misirdeki temirtaşi sufilerinin hanegahı ve Amasyadakı halveti hanegahı bunun benzeridir. Bundan ilave bu hücrelerin Şirvanşah ailesine ait olan türbede olması da halvethane ile açıklana biler. Çünki halvete girilen mekanda mezar olması daha da makbuldur.
Şirvanşahlar saray külliyesindeki Keykubat ve Şah mescidleri, türbeler, türbelerdeki halvethaneler Seyid Yahya türbesi etrafında halveti hanegahı olduğunu gösterir.
